Haindorf wird erstmals 1322 als Hegendorf in einem Ablaßbrief des Titualbischofs von Gaballa für die Kirche von Krautheim erwähnt. Das Dorf war seit dem Mittelalter im Besitz des Rittergutes Schwerstedt.
Die ökonomischen Verhältnisse waren ganz von der Landwirtschaft geprägt. 1544 wird Waidanbau nachgewiesen, als Zeugnis liegt ein Waidstein vor der alten Schule. Die Besitzstruktur war mittelbäuerlich geprägt. Das Handwerk spielte kaum eine Rolle. Durch den Dreißigjährigen Krieg kam es zu größeren Verwüstungen.
Haindorf war auch noch am Ende des 19. Jh. vom Verkehr ganz abgelegen "in einer grünen Talsenkung wie versteckt vor der Welt." (1883).
Die Schule wurde im 18. Jh. erwähnt und war 1945 nur einklassig. Heute gehen die Kinder nach Krautheim in die Kindertagesstätte und nach Buttelstedt zur Schule.
Die kleine schlichte dreiachsige Kirche, ein Saalbau mit eingezogenem östl. Chorturm, wurde im 17. Jh. erbaut. Es deuten keine Spuren auf einen früheren Bau hin.
Heute ist Haindorf ein idyllisches Wohndorf. Die gemeindeeigene Gaststätte wurde in den 90er Jahren mit Hilfe von Fördermitteln im Rahmen der Dorferneuerung teilsaniert. 1996 wurde mit viel Aufwand und großer öffentlicher Anteilnahme - einschließlich enormer Spendenbereitschaft - ein Sportplatz gebaut. 2011 wurde die Innensanierung der Gaststätte vorangetrieben und eine neue Parkfläche in Haindorf geschaffen.
Über eine Ortsverbindungstraße gelangt man schnell nach Buttelstedt und somit nach Weimar und die anderen größeren Orte.